Уже к весне 1980 года советские войска не по своей воле оказались втянутыми в боевые действия на территории Афганистана. Первым крупным боестолкновением для них была Кунарская операция, проводившаяся на территории провинции Кунар в феврале-марте 1980 года. Летом 1979 года афганский горно-пехотный полк, расквартированный в этой провинции, перешел на сторону мятежников, которые с тех пор стали вольготно себя чувствовать в этом приграничном с Пакистаном регионе. Части же 9-й афганской горно-пехотной дивизии активных действий против мятежников не предпринимала, предпочитая отсиживаться в населенном пункте Асадабад, фактически в блокаде. Мощным ударом вдоль долины одноименной реки два советских мотострелковых батальона при поддержке артиллерии и авиации и при участии афганских частей деблокировали Асадабад, рассеяли достаточно крупные силы мятежников и вынудили их уйти в Пакистан. Однако результаты операции не были закреплены, поэтому в мае в этом же самом районе пришлось проводить еще одну операцию по уничтожению банд мятежников.      Вообще говоря, в первый период войны все трудности ведения боевых действий лежали на плечах советских солдат. Афганская армия, рассредоточенная по административным центрам и призванная охранять органы законной афганской власти, опыта боевых действий не имела, была слаба в морально-психологическом плане и постоянно подвергалась идеологической обработке со стороны афганских мятежников. Фактически афганскую армию нужно было создавать "с нуля".       Кроме операций в провинции Кунар, боевые действия проводились и в других районах. Сначала отряды моджахедов пытались действовать в открытую, но вынуждены были быстро перестроиться и перейти к тактике действий "из-за угла", ибо открытые столкновения оказались им не под силу. Войска 40-й армии, полностью перехватили инициативу, от непродолжительных по времени и ограниченных по площади операций перешли крупномасштабным.      

Весной проводились операции по обеспечению функционирования основных автомагистралей, также боевые действия в провинциях Пактия и Газни, первая Панджшерская операция, летом в Хазараджате и Логаре, осенью - вторая Панджшерская операция, боевые действия в провинции Нангархар. Особого внимания заслуживает операция "Удар" (ноябрь-декабрь) в центральных провинциях, которые непосредственно примыкали к Кабулу. По сути, она была первой из числа крупных, при ее проведении были достигнуты существенные результаты.       В течение всего года проводились рейды, обеспечивающие движение по дороге Кабул - Кандагар. Но военные успехи не закреплялись по-прежнему укреплением органов власти в уездных волостях. Бабрак Кармаль и другие руководители отсиживались в Кабуле, а если кто-то из них отправлялся в тот или иной провинциальный центр, то вместе с советским представителем, полагаясь на соответствующую охрану.      В ходе боевых действий совершенствовалась и изменялась тактика как советских войск, так и мятежников. В условиях горно-пустынной местности все выработанные к этому моменту тактические действия Советской Армией годились только для западно-европейского театра военных действий. Учиться приходилось непосредственно в бою. И такой опыт давался советским войскам очень дорогой ценой. Также на ходу приходилось создавать тактику прикрытия колонн, рейдов вглубь районов, находящихся под контролем повстанцев, взаимодействия авиации, сухопутных сил и десанта.      

Моджахеды же, потерпев в 1980-82 гг. ряд поражений, сменили тактику. Они стали уклоняться от прямых столкновений с Советской Армией, используя тактику внезапного удара мелкими группами (в основном, вне кишлаков), отказ от позиционной войны, широкое использование маневра, действия в труднодоступных районах, где затруднительно или невозможно использование бронетехники. Группы и отряды имели достаточную степень автономности. Такая тактика на первых порах имела некоторый успех. Вместе с тем, когда советским войскам удавалось навязать моджахедам "классические" правила войны, последние несли ощутимый урон. Такое оказывалось возможным, когда советским подразделениям удавалось окружить базовые районы и лагеря мятежников, или когда удавалось блокировать банду в населенном пункте.      В ходе второго этапа пребывания интенсивность боевых действий постоянно возрастало. Наибольшего пика она достигла в 1984-85 гг. В 1984 году погибло свыше 2343 советских военнослужащих. В 1985 – 1986гг. боевые действия развернулись практически на всей территории Афганистана. Перед советскими войсками были поставлены задачи – уничтожить базовые районы повстанцев. Эти задачи всегда выполнялись, однако противник, используя тактику свою излюбленную тактику, мелкими группами выходил из-под удара. После же завершения войсковой операции советские подразделения возвращались в места постоянной дислокации, оставляя очищенный от мятежников район афганским властям. Однако через некоторое время недобитые мятежники возвращались туда, восстанавливали свою структуру, и вскоре советские войска вынуждены были вновь проводить операцию в этом районе. Характерный пример – Панджшерское ущелье, где за 9 лет пребывания советских войск проводилось 12 операций по вытеснению отрядов одного из наиболее серьезных командиров мятежников – Ахмад Шаха Масуда, знаменитого "Панджшерского льва". Однако кабульская власть в этом районе так и не закрепилась.      
В мае-июне 1982 года была проведена пятая Панджшерская операции, в ходе которой впервые была осуществлена массовая высадка десанта: только в течение первых трех дней было десантировано свыше 4 тысяч советских военнослужащих. Всего же в этой операции принимало участие около 12 тысяч советских солдат и офицеров. Операция проходила одновременно на все 120 км в глубину ущелья. В результате в этот раз Панджшер был взят, однако, через две или три недели советским войска пришлось его оставить. Для того, чтобы полностью контролировать Панджшерское ущелье, необходима было содержать в этом районе довольно значительную группировку сил, однако, сложившаяся в то время обстановка требовала проведения крупных операций на всей территории Афганистана. Афганская же армия была не в состоянии удержать этот стратегически важный район.      В 1983 году боевые действия велись в окрестностях центра провинции Пактия – города Хост, который в июне-июле мятежники попытались блокировать. Однако получившие передышку от боевых действий против банд Ахмад Шаха Масуда советские и афганские части успешно пресекли эту попытку.      1984 год начался с операции по деблокированию аэропорта афганского города Ургун. Занявшие господствовавшие высоты душманы практически перерезали воздушное сообщение этого уездного центра с Кабулом.     

21 апреля 1984 года началась седьмая Панджшерская операция. Называют такие цифры: в ней участвовало 11 тысяч советских и 2600 афганских военнослужащих, 200 самолетов и 190 вертолетов. Однако и таких сил оказалось недостаточно. Приходилось полагаться, по признанию очевидцев, на умение, выучку и беспредельное мужество солдат.      Несмотря на мощную концентрацию сил и на этот раз ликвидировать отряды Ахмад Шаха не удалось. Им лишь нанесли существенные потери. Наиболее горячими точками в 1984 году, помимо названых, были зеленая зона Кандагара - на самом юге, и города Герат, Хост с прилегающими уездами - на западе.      Ахмад Шах Масуд, командующий Панджшерским фронтом, как он называл себя, и Гульбуддин Хекматьяр со своими отрядами не уходили далеко от главной коммуникации Хайратон - Кабул и перевала Саланг. Они кружили по одним и тем же местам - нападали, заметали следы и опять появлялись.      В 1985 году боевые действия с отрядами моджахедов продолжались во многих провинциях. В марте была проведена крупная по своим масштабам Кунарская операция. В ее ходе боевые действия велись на всем протяжении Кунарского ущелья - от Джелалабада до Барикота, общей протяженностью 170 километров. Генерал армии В. И. Варенников так отзывался об этой операции: "...уже тогда были заметны моменты, которые позволяли нам сделать вывод: несмотря на экстремизм оппозиционных банд (а их было много), надо искать общий язык с народом. К нам приходили тогда старейшины, и мы заключали с ними соглашения: если в нашу сторону не будет ни одного выстрела, то и на них не упадет ни один снаряд. И когда операция закончилась, а она была очень сложной - только в десанте участвовали 11,5 тысячи - человек, ни один самолет не был сбит и вообще наши потери оказались минимальными".      

В 1985 году были проведены восьмая и девятая Панджшерские операции. В ходе девятой удалось оттеснить отряды Ахмад Шах Масуда из центральной части ущелья. Однако военные успехи снова и снова не закреплялись установлением органов власти на местах. Моджахеды получали подкрепление из своих центров на территории Пакистана, граница с ним так и не была перекрыта, да и такая задача была не под силу ни 40-й Армии, ни афганским вооруженным силам. Только в одной провинции Нангархар, по свидетельству министра обороны ДРА генерал-лейтенанта Назар Мухаммеда, имеется 67 горных троп и переходов, проложенных столетие назад в Пакистан. Кроме того, не в интересах пуштунских племен, которые проживают на территории Афганистана и Пакистана, перекрывать госграницу.      В тактическом плане действия советских подразделений включали себя рейды усиленных батальонов и рот, которые заключались в последовательном уничтожении отрядов душман. При этом подразделения получали направления и конечный пункт рейда. Наступая в заданном направлении, подразделения, встречая врага, уничтожали его, выходили в конечный пункт, выполняли поставленную задачу и возвращались обратно. Такие действия проводились в условиях ограниченного маневра, когда не было условий для нанесения одновременного удара во фланг и в тыл противника. Также применялось прочесывание районов, которое заключалось в его окружении силами двух подразделений и в их последующем схождении к центру района. Для уничтожения противника в горах применялась высадка тактического десанта на путях наиболее вероятного отхода противника, которая сочеталась с блокированием населенных пунктов и с действиями обходящих отрядов. Такая тактика была довольно эффективной.      Одним из самых распространенных способов боевых действий были засады, выставляемые на путях подвоза мятежникам материально-технических ресурсов. Для ведения засады использовались взвод или рота, редко – батальон. Такие действия требовали от командиров и их подчиненных отличного знания местности и тактики действия мятежников.      Проанализировав ход и итоги войсковых операций и общую ситуацию, сложившуюся в Афганистане к тому времени, а также учитывая возросшее мастерство афганской армии, советское командование взяло курс на постепенное сокращение крупных войсковых операций, на замену их засадными действиями небольшими силами. Основную тяжесть боевых действий взяла на себя афганская армия.

26 апреля 1985 года в горах под Пешаваром, в крепости Бадабера, где находилась тренировочная база афганских мятежников и тюрьма для военнопленных, вспыхнуло восстание советских и афганских военнослужащих, попавших в плен в Афганистане. Доведенные до отчаяния невыносимыми условиями содержания, голодом и другими зверствами со стороны афганских "борцов за свободу", группа советских солдат разоружила охрану, освободила также солдат-афганцев из правительственной армии, захватила некоторые помещения тюрьмы и потребовала встречи с советским послом, с представителями ООН и других международных организаций.      Душманы думали, что подавить выступление советских солдат будет легко, но они просчитались. Восставшим удалось захватить арсенал и одно из укреплений. Все атаки были отбиты. На помощь мятежникам пришли части пакистанской регулярной армии. Но и их атаки были отбиты. Тогда руководители операции приняли решение подтянуть к Бадабере тяжелую артиллерию. Во время обстрела один снаряд попал в склад боеприпасов. Взрыв и начавшийся пожар не оставили восставшим ни одного шанса выжить. После этого случая один из наиболее радикальных главарей афганских мятежников Гульбетдин Хекматияр, глава так называемой Исламской партии Афганистана, приказал своим бойцам "шурави" (т.е. советских) в плен не брать.      

В первой половине 1985 года на территории Афганистана продолжались крупные операции по уничтожению крупных бандформирований. Так, были проведены восьмая и девятая Панджшерские операции, в марте – Кунарская операция. Однако и советское военное, и афганское политическое руководство постепенно приходят к выводу о том, что нужны принципиально новые подходы к решению проблемы. Были проведены переговоры с более-менее умеренными руководителями бандформирований. Частичным успехом закончились переговоры с Ахмад Шахом Масудом. На достаточно долгое время в Панджшере установилось хрупкое перемирие.      В 1985 году афганская правительственная армия уже имела достаточный опыт ведения самостоятельных боевых действий, потому постепенно на ее плечи перешло проведение большинства общевойсковых операций. Советские войска постепенно стали переходить от крупномасштабный операций по зачистке районов от мятежников к отработке оперативных разведданных, к засадам на путях караванов, везущих помощь для мятежников из Пакистана и Ирана.      

Также в задачи ОКСВ входили сопровождение автоколонн с народнохозяйственными грузами, охрана стратегически важных объектов инфраструктуры и охрана важнейших транспортных коммуникаций.      Изменение боевых задач ОКСВ, рост боеспособности и улучшение морально-нравственной обстановки внутри афганской армии позволили во второй половине 1986 года вывести из Афганистана шесть полков: один танковый, два мотострелковых и три зенитных.      В декабре 1986 года руководством Афганистана был взят курс на национальное примирение. НДПА официально объявляла об отказе на монополию на государственную власть, о планах созвать всеафганский съезд представителей всех слоев общества – Лойя Джиргу.